Ubicado en el último borde de Murgia de Puglia, al sudeste (394 m sobre el nivel del mar), se enfrenta al sudoeste en el valle de Itria salpicado de trullos, cuyo nombre derivaría de "Cis-Sturninum", en este lado de Sturni, antiguo centro de yapigio cerca de Ostuni que había tomado el nombre de Sturno, compañero del héroe homérico Diomedes, quien escapó de la guerra de Troya. La primera información histórica (1107) sobre Cisternino proviene de la donación de la condesa Sichelgaita, viuda del conde Goffridus, "dona a la Iglesia y al monasterio de S. Maria Antica de Brindisi, para el alma de su esposo e hijo, así como para su salud y la de su otro hijo Tanchredus ", los pueblos de Tuturano y Valerano y otras propiedades, incluido el" Lama di Cisternino ". La noticia, en un documento antiguo, de la presencia de Cisternino en la Edad Media, incluso si solo hablamos de lamas aquí, pero el hecho de que tenía un nombre, sugiere que hubo un asentamiento humano o, más probablemente, una granja.
La primera evidencia arqueológica en la Casale di Cisternino está dada por el descubrimiento, debajo de la iglesia románica de S. Nicola, de los restos de un pequeño templo cristiano, construido de manera realista alrededor del año 1000. Papa Alejandro III, con una bula papal de 26 Febrero de 1180 asignó esta iglesia y la Casale di Cisternino al obispo de Monopoli, sobre los restos de la antigua iglesia de S. Nicola di Pàtara, construida en el siglo XIV. La actual Iglesia Madre. La torre, en la parte superior de la cual se encuentra la estatua de San Nicola, constituye la entrada principal a Cisternino. Elevándose en el Colle delle Forche, según una antigua tradición, la torre se remonta a la época romana, construida por el emperador Claudio en el año 44 dC, pero en realidad su núcleo original se remonta a la era normanda y más exactamente al final del año 1000 o a principios de 1100. Su primera estructura tenía la misma altura que la actual (unos 18 m.) pero era más estrecha.
La antigua torre fue destruida casi por completo a fines de la década de 1300 y renovada y ampliada en la década de 1400, cuando se construyó un nuevo y poderoso muro alrededor de la antigua torre. En el interior había pisos de madera cuyos agujeros se conservan donde se insertaron las vigas. De un piso al otro pasaba por escaleras de madera y escotillas.